Esto se debe a que los virus modifican una entrada en el registro de windows para que no puedas ver los archivos ocultos y así no sean descubiertos.
Solución:
En primer lugar te recomendamos utilizar un programa antivirus para verificar que tu sistema se encuentra limpio.
1. Ingresar al registro
(Inicio, Ejecutar, regedit, Aceptar).
2. Buscar la clave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\NOHIDDEN
Colocar los valores:
Checkedvalue: 2 (DWORD)
Defaultvalue: 2 (DWORD)
3. Buscar la clave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL
Colocar los valores:
Checkedvalue: 1 (DWORD)
Defaultvalue: 2 (DWORD)
4. Salga del Registro.
Con esto ya tienes solucionado el problema.